Presenta una struttura lunga, ripartita in tre navate da agili colonne che poggiano su plinti. La volta dell'aula è piana, mentre il presbiterio è ricoperto da una cupola. Ha subito notevoli restauri nel corso del XX secolo tra cui la costruzione ex novo dell'altare maggiore in asse con l'ingresso  nel  1978 e, precedentemente, nel 1928, il campanile originario ( dalla forgia tipicamente orientale) fu innalzato del doppio, mentre nel 1939 vennero abbattute le cinque guglie della facciata. La chiesa di S. Carlo Borromeo fu edificata su una parte dell’ area precedentemente occupata dalla chiesa che  andava sotto il titolo di Santa Venera ( il cui culto era tipicamente orientale).

Si ricava una descrizione dell’ edificio da una nota redatta dal Calvelli in relazione alla visita del Brancaccio nel 1578 a San Marzano: “ la chiesa era distinta da due archi, il capo altare era sotto una certa lamia, elevato sopra tre scalini; su del quale esisteva un tabernacolo dove si conservava il SS Sacramento in pane fermentato in certa pisside…all’ uso greco….”